Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 29 декабря2018 г. №03-02-07/1/96622.

Трехлетний срок для самостоятельного проведения налоговым органом зачета суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по иным налогам, задолженности по штрафам и (или) пеням применяется в случаях возникновения переплаты начиная с 30 августа 2018 года. Такой вывод финансистов содержится в письме Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 29 декабря2018 г. №03-02-07/1/96622.

Отметим, что положения абз. 1 п. 5 ст. 78 Налогового кодекса с 30 августа 2018 года дополнены условием о вышеуказанном трехлетнем сроке, ограничивающем самостоятельное проведение зачета налоговой инспекцией (п. 8 ст. 1 Федерального закона № 232-ФЗ "О внесении изменений в часть первую Налогового кодекса Российской Федерации в связи с совершенствованием налогового администрирования"). При этом законы, ухудшающие положения налогоплательщиков, обратной силы не имеют (п. 2 ст. 5 НК РФ). Таким образом, при образовании переплаты до 30 августа 2018 года зачет может происходить и позже трех лет с даты излишней уплаты налога.
Источник: ГАРАНТ.РУ